Този манастир е построен по времето на цар Михаил-Асен, син на цар Иван Асен II от третата му жена Ирина Комнина. По време на турското робство манастирът е разрушен и впоследствие забравен. През 1809 г. монах Исай от Троян отива отшелник в земите край някогашния манастир, от който останали само развалини. Според преданието, един ден пастирка отишла там да търси изгубеното си стадо и така попаднала на плачеща майка с дете на ръце, която седяла на голям камък и тъгувала за стария си дом. Пастирката споделила това с Исай и той разбрал, че трябва да въздигне манастира отново.
Исай построил скромна колиба около камъка и поставил икона в нея. След това търсил благодетели в близкото село Батошево и Севлиево, за да построи манастира, но така и не намерил подкрепа.
През 1831 година обаче в района започва да върлува чума и хората се изтеглят в Балкана като дават обет, ако оцелеят, да издигнат на това място манастир. Така през 1836 година манастирската света обител е издигната отново. Църквата построява първомайстор Константин от Пещера, който преди това издигнал храмовете на Соколския манастир край Габрово и на Троянския манастир.
Впоследствие Батошевският манастир Успение Богородично се превръща във важно книжовно средище. Бачо Киро прекарва две години в манастира. В манастира като монах пребивава Матей Преображенски Миткалото – монахът-революционер. Хората от манастира дейно участват в подготовката на Априлското въстание, заради което той е опустошен при потушаването на въстанието, а част от монасите – измъчвани и убити, други с мъка успяват да се спасят.
Години по-късно светата обител е възстановена.